讲述吃了自己开发的毒药，婴儿化的灰原哀与组织的关系，以及被该组织杀害的妹妹阿基米的记忆。这一次豪华列车上将发生什么样的谋杀事件？

身为黑衣组织一员的科学家宫野志保（代号雪莉），开发出了神秘的毒药APTX4869。那就是让工藤新一变小的药！但是，黑衣组织杀了她的姐姐明美，因此雪莉决定背叛组织，自己也吞下了APTX4869。服药后身体缩小的她，化名为灰原哀，隐藏起真实身份。虽然只有一点点，但黑衣组织确实在她的心里蒙上了一层阴影。糟糕的是，她再次与黑衣组织的干部·琴酒打照面，面临性命危急的「与黑衣组织的再会」；在碰上巴士挟持事件的车上，感受到组织成员气息，有着赴死决心的「神秘乘客」；以及故事的最高潮，在豪华列车内，被逼到惊险绝境的「漆黑的神秘列车」。在与苦艾酒以及波本直接对决中败阵的灰原，按照组织所计划的，被卷入货车厢的爆炸中，被认为已丧命的她却…… 以电视动画漆黑的神秘列车为主轴，将灰原哀过去的故事，以全新画面重新编辑而成的特别编辑版登场！

这次的故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中… 与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！ 此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀…

美国田纳西州，猫王的故乡孟菲斯，一家廉价破旧的孟菲斯旅馆，三段彼此交错的平行故事，就发生在这家献给猫王埃尔维斯·普雷斯利的旅馆之中。 故事一：一对痴迷于美国五十年代摇滚音乐的日本情侣来到孟菲斯。然而一个是猫王的粉丝，一个则喜欢与猫王同时期崛起的音乐人卡尔·帕金斯。两人以朝圣的心情来到猫王的故乡。那些生活中浪漫的微小细节，却并不能阻止他们沉溺在音乐之中忘乎自我，男孩甚至对任何事情都无动于衷。出门时，他们听到一声枪响，戛然而止。故事二：一个为了躲避陌生男人纠缠的寡妇，投宿在这家孟菲斯旅馆。形单影只的她，遇见了刚与男友分手的独身女孩，两人共处一室。深夜，这位寡妇似梦非醒的看见了猫王的幻影。在神秘的会面之后，收音机里传来《蓝月亮》。出门的一刻，枪声响起。故事三：同样的猫王照片，同样的《蓝月亮》。回溯故事二中的女孩。男友与她分手后在酒吧喝酒，然而一语不合让他错手打伤了老板，他和女友以及女友的弟弟，仓皇中逃亡至此。天亮时，屋内传来一声枪响。

这部单元剧取材自甘耀明的同名小说，带有稍许魔幻与超现实风格。故事从研究生傅宗元回家探望患老人痴呆症多年却忽然开口说话的阿公展开，由此牵出阿婆在白色恐怖年代牺牲自己拯救他人的过往，也让从未与阿婆见过面的傅宗元，了解到客家女人坚忍刚毅的另一面。 主角傅宗元从小和阿公感情深厚，受阿公影响成为火车迷，收藏了丰富的火车相关文物，还坚信存在一列未在火车时刻表上出现的“神秘列车”。因患老年痴呆症的阿公开口说话，他开始了解家中曾不许提及的阿婆。傅宗元打算以阿婆的故事作为“客家女性”专题，却意外发现阿婆在白色恐怖年代被以匪谍罪名枪决。他认为阿婆是白色恐怖下的无辜受害者，并非匪谍，便积极通过各种途径为阿婆平反。然而几经查证，阿婆当年确实加入了匪伪组织，是名副其实的匪谍。 灰心的他一时无言以对，但在阿公的激励下，他没有放弃，继续追寻真相……

主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

林毅，一个被挚友与爱人双重背叛的男人，在绝望之际意外卷入了一场神秘的列车异变事件。命运的齿轮悄然转动，他绑定了 “女神攻略系统”，并凭借着自己的真心与智慧，赢得了强大守护者宁竹烟的认可。 自此，林毅依靠系统赋予的特殊能力，在重重险境中不断破解谜题，屡次化解致命危机。然而，树大招风，他的出色表现引来了小人的嫉妒与构陷。面对接踵而至的挑战，林毅没有退缩，而是在宁竹烟和多位新结识的神秘女性伙伴的帮助下，历经多重秘境的残酷考验。

太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。 今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神 海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。

“紧急接近！有一艘装载爆炸物可能性很高的船只……”在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现的一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。同日，参加宙斯盾舰的体验航海的柯南、小兰、毛利小五郎以及少年侦探团一行人参观了海上自卫队员充满能量的的对空战斗训练。可是突然，受到了神秘敌人的袭击，训练变成了疯狂的现实！